Cristina Zoco ha centrado su investigación en el ámbito de los derechos fundamentales y de la organización territorial del Estado. Desde la perspectiva de los derechos fundamentales, ha realizado aportaciones sobre la exigencia constitucional de igualdad ante la ley desde el punto de vista de la discriminación por razón de sexo, y de la aplicación de las normas. En lo que respecta a la organización territorial del Estado, ha realizado aportaciones sobre el regionalismo y autonomía local en Europa, en comparación con España, realizando estancias de investigación en diferentes universidades (Universidad Pantheon Sorbonne de Paris, European University Institute de Firenze, Universidad Montesquieu de Bordeaux, Universidad de Pau et des Pays de l’Adour de Pau, Universidad Católica de Lovaina y Universidad de ciencias Humanas y sociales de Toulouse).